À la fin du XXXème siècle, l'humanité, qui a perdu la grande guerre spatiale, est sous le joug des humanoïdes. Le capitaine Albator a fui la Terre à la tête de son équipage pour mener sa propre croisade contre cette domination. Le Gouvernement Galactique mandate Warius Zero, alias le « Cosmowarrior », commandant de la flotte terrienne, pour le traquer et l'éliminer. S'engage alors une course poursuite mortelle entre les deux hommes…