Una organización llamada Chronos gobierna en las sombras a gran parte de los políticos y las actividades económicas, oponen a ellos. La historia comienza cuando Train, conocido como Gato Negro (Black Cat), uno de los asesinos más poderosos de la organización, conoce a una extraña mujer llamada Saya Minatsuki, que siempre viste un kimono llamativo y ablanda su corazón. Entonces decide no volver a recibir órdenes de nadie ni matar sin motivo. Saya es asesinada por Creed, quien la llama bruja, pues-recompensas junto a él y a Eve la niña que este cuida, una misteriosa niña con poderes sobrenaturales basados en la Nanotecnología y creada artificialmente por la doctora Tearju Lunatique. Tiempo después, Train se entera de que Creed está formando una alianza conocida como "Los Apóstoles de la Estrellas", cuyo objetivo es destruir a Chronos y crear un nuevo orden mundial. En ese momento Train decide ir tras Creed como un cazarecompensas para vengar la muerte de su amiga Saya.