Situado en la era Meiji, Kidou Shinsengumi Moeyo Ken cuenta la historia de Konsou Yuuko, Hijikata Toshie y Okita Kaoru. Ellas son las tres hijas de antiguos miembros de Shinsengumi y al igual que sus padres son llamadas para proteger Japón de sus problemas actuales. La mayor parte de su trabajo consiste en eliminar los sucesos paranormales cada vez mas frecuentes en Kioto y defender la ciudad de cualquier otro peligro surja.