Fate/Prototype es una versión reimaginada de la versión original de Fate/stay night de Kinoko Nasu. La historia tiene lugar ocho años después del trágico Heaven's Feel. Aquí, el Santo Grial sigue siendo el objeto tan deseado. Sin embargo, la oscuridad bajo este llamado 'Grial' se revela mientras los personajes proceden a luchar entre sí para ganar.