Lights of the Clione erzählt die Geschichte von Minori, einem von Krankheit geplagten Waisenmädchen, das ständig gemobbt wird. Nach einem regnerischen Tag taucht sie nicht in der Schule auf, da sie in ein Krankenhaus in einer fernen Stadt eingewiesen wurde. Zwei Monate später erhalten die zwei Schulfreundinnen des Mädchens, Takashi und Kyouko, eine mysteriöse E-Mail ohne Absender; diese kündigt ein Sommerfestival in einer nahe gelegenen Stadt an.