Wir befinden uns in einem Japan der Meiji Ära, in der Menschen und Youkais koexistieren. Um der Konflikte unter ihnen Herr zu werden, gründet die Regierung das »Ministerium für Youkai und Menschen«, dessen Aufgabe es ist, für Frieden zu sorgen. Die Mitarbeiter des Ministeriums bestehen dabei sowohl aus Menschen, als auch aus Youkais, sowie aus dem Mensch-Youkai-Mischlingsmädchen Zakuro. Gemeinsam kämpfen sie für ein besseres Verständnis zwischen den beiden Gruppierungen.