Wir befinden uns in Tokio im Jahre 1969. Die Erde wird von den sogenannten »Eindringlingen« angegriffen. Glücklicherweise weiß aber die Öffentlichkeit davon nichts, denn eine Geheimorganisation mit dem Namen A.E.G.I.S versucht die Invasion mit allen möglichen Mitteln zu stoppen. Als Ukiya Shun gerade auf seinem Weg zu Schule ist, beobachtet er einen Kampf zwischen einem jungen Mädchen und einem Eindringling. Er versucht ihr zu helfen und dabei entdeckt er, dass er, genau wie das Mädchen, die Fähigkeit hat, sogenannte »Tore« zu erschaffen. Diese Fähigkeit ist sonst nur noch ganz wenigen anderen Menschen vergönnt. Weil diese Menschen so selten sind, wird Ukiya von A.E.G.I.S rekrutiert.