Nach dem Zweiten Weltkrieg gründete das Alliierte Kommando in Japan eine neue Organisation, die bei der Bekämpfung von Terrorismus und Gewalt in der Pazifikregion helfen sollte. Diese Behörde begann zunächst mit der Rekrutierung von Ninjas, die sich auf innenpolitische Angelegenheiten konzentrieren sollten. Im Laufe der Zeit entwickelte sich das Programm weiter und umfasst heute rund 20.000 Ninjas, die für nationale und internationale Sicherheitsangelegenheiten zuständig sind. Einer dieser Ninjas ist der Oberschüler Kuro, der als absoluter Versager abgestempelt wird. Dennoch stellt er sich zur Verfügung, um die erste Verteidigungslinie gegen eine Welle ausländischer Attentäter zu sein, die in Tokyo eindringt.