In Nishitama stehen die zwei Türme des höchsten Wolkenkratzers der Stadt kurz vor der Eröffnung. Die Detective Boys befinden sich gerade auf dem Rückweg von einem Campingtrip, als sie an dem fast fertiggestellten Bau vorbeikommen. Dort treffen sie zufällig auf Ran und ihren Vater, die bereits vor der offiziellen Eröffnung die Türme besichtigen. Während der Erkundungstour bemerkt Conan zufällig einen schwarzen Porsche, der vor dem Gebäude steht. Es ist das Auto der Männer in Schwarz, die Shinichi zwangen das Gift zu trinken, welches ihn verwandelte! Als kurz darauf mehrere Menschen ermordet werden, ist der kleine Detektiv nicht nur gezwungen, die Verbrechen aufzuklären, sondern auch herauszufinden, was die mysteriöse Organisation damit zu tun hat. Außerdem verhält sich Ai Haibara ausgesprochen merkwürdig und Conan muss sich fragen, auf welcher Seite sie steht...