Craig Schwartz er en talentfuld dukkefører, men gennembruddet udebliver. Han er gift med den nærmest manisk arbejdsomme Lotte. Deres ægteskab er blevet rutine; der er ingen gnist, ingen passion. For at skaffe nogle penge får Craig arbejde som arkivar på 7 1/2 etage hos firmaet LesterCorp, hvor han forelsker sig i den smukke Maxine, men hans følelser er bestemt ikke gengældte. En dag taber han ved et uheld et chartek bag et arkivskab, her opdager han en lille dør. Bag den finder han indgangen til en smal, mørk gang, der viser sig at være en portal, der giver adgang til John Malkovichs hjerne.