Действието се развива през викторианската епоха в Лондон, а в центъра на сюжета е младата и красива Алиса, която разказва на своите лекари невероятна история за свят отвъд човешкия, който е населен с всякакви фантастични същества (сред които невидима котка, говорещи карти за игра и гъсеница, която пуши наргиле). Убедени, че Алиса постепенно пропада в бездната на лудостта лекарите й планират да я излекуват с помощта на нов вид лечение, което ще я накара да забрави всичко. Младото момиче също е готово да остави този свят зад себе си и най-вече болезнения спомен за призрака Сайръс в който е била влюбена преди време. Но дълбоко в себе си Алиса е убедена, че всичко, което казва на лекарите е истина и точно преди да се подложи на лечението тя е спасена от неудържимия Бял заек. Сега Алиса се впуска в търсене на отдавна изчезналия Сайръс и в същото време се подготвя за борбата си срещу коварните Джафар и Червената кралица.