Fabuła osadzona jest w rzeczywistości alternatywnej w stosunku do linii przedstawionej w pierwszej serii telewizyjnej o Haruhi – można przypuszczać, że dzieje się w tym samym świecie, do którego trafił Kyon w filmie. Tu także Suzumiya uczęszcza do innej szkoły, za to główny męski bohater przyjaźni się z Nagato i Asakurą. Na tym podobieństwa się kończą, bo choć oczywiście wierni i uważni fani w mig wyłapią więcej smaczków, będą one jedynie kwiatkiem do kożucha, nieistotnym dla całokształtu dodatkiem. Historia ukazana w serialu nie rozwija żadnego z głównych wątków, raczej tworzy własne i przy ich pomocy skupia się na relacjach Kyona z Nagato, niestety poddanych działaniu obligatoryjnego w przypadku tego typu produkcji status quo.