ยุคจักรวาลที่ 71 มนุษยชาติได้พัฒนาเป็นสองสายพันธุ์ย่อย ได้แก่ เผ่าพันธุ์ธรรมชาติ (Naturals) ที่อาศัยอยู่บนโลก และเผ่าพันธุ์ผู้ประสานงาน (Coordinations) มนุษย์ที่ได้รับการปรับปรุงพันธุกรรมให้สามารถทนทานต่อสภาพแวดล้อมอันโหดร้ายของอวกาศ ซึ่งอาศัยอยู่ในอาณานิคมโคจรที่เรียกว่า PLANTs เรื่องราว revolves รอบตัวผู้ประสานงานหนุ่มชื่อ คิระ ยามาโตะ ผู้ซึ่งเข้าไปพัวพันกับสงครามระหว่างสองเผ่าพันธุ์ หลังจากที่อาณานิคมอวกาศที่เป็นกลางซึ่งกำลังพัฒนาโมบิลสูทให้กับพันธมิตรโลกอย่างลับๆ ถูกโจมตีโดยกองกำลังทหารของ PLANTs ที่ชื่อว่า ZAFT