Motivada para recuperar as suas memórias após acordar num caixão no fundo de um lago há 20 anos, Bayonetta caça as forças do Céu dia e noite em busca de pistas sobre o seu passado esquecido e para cumprir o seu pacto com as forças demoníacas das quais retira os seus poderes de Bruxa Umbra. É armada e guiada pelo misterioso barman e ferreiro Rodin, e a seguir todos os seus passos está o intrépido jornalista Luka Redgrave, que acredita que ela tem algo a ver com a morte do pai e não poupará esforços para descobrir a verdade. A sua viagem toma um rumo promissor quando encontra uma menina chamada Cereza, mas no seu caminho está uma Bruxa Umbra rival chamada Jeanne, que trabalha para as mesmas forças que deveria combater.