Depois de viajar a anos-luz de distância da Terra, a nave espacial Macross transporta uma cidade de civis e soldados de volta para casa. Lutam continuamente contra a ameaça dos Zentradi e dos Meltrandi, raças alienígenas gigantes com as quais a humanidade trava guerra. Durante uma batalha, o Macross transforma-se num mecha operado pelo piloto de caças Hikaru Ichijou. Impulsionado por uma série de dificuldades, Hikaru aproxima-se do ídolo da cidade, Minmay Lynn. À medida que a sua relação se desenvolve, no entanto, é visto de forma desfavorável pelos outros devido ao estatuto e popularidade de Minmay. Com a guerra em curso e o estado da Terra desconhecido, Hikaru e os seus companheiros soldados lutam contra os seus misteriosos inimigos. Ao longo do derramamento de sangue, Hikaru e Minmay tentam manter os seus sentimentos um pelo outro. Minmay derrama o seu coração na sua música, o que pode acabar por ser a chave para encontrar a paz.