Gojira se po dlouhé době vynoří opět z hlubin oceánu a začne pustošit vše, co jí přijde do cesty. Vědec Shinoda, zakladatel GPN (The Godzilla Prediction Network), společně se svou malou dcerou Io zasvětil svůj život studiu legendárního monstra a teď má konečně příležitost Gojiru vidět pěkně zblízka. Jenomže Gojira jejich nadšení nesdílí a málem je to stojí život. V tu samou dobu objeví vládní vědci hluboko v Japonském příkopu mimozemskou loď. Chtějí ji vyzvednout na povrch a začít studovat. Jenomže mimozemská loď začne být najednou aktivní, vzlétne a následně přistane na Tokyo Opera City Tower. Vzápětí se ukáže, že jsou odtamtud nelegálně stahována důležitá data a panika začne narůstat. Mimozemšťané totiž hodlají ovládnout Zemi, chtějí změnit atmosféru a ze všeho nejvíc je zajímá samotná Gojira.